Фамилия Музагитова хранит память о предке по мужской линии, которого звали Музагит. Это тюркское мужское имя, восходящее к арабскому корню, со значением «старающийся, усердный», а также «борец за религию, защитник народа». Родители, давая сыну такое имя, желали ему стать достойным мусульманином, человеком, который не жалеет сил для своей веры и общины. Потомок человека по имени Музагит со временем и получил фамилию Музагитов, а женщина, носящая её, — Музагитова.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе имени Музагит добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к отцу. Такую же схему мы видим в фамилиях, образованных от других тюркских имён, например, от имени Рахим — Рахимов, от Закир — Закиров. Это типичный путь, когда мусульманские имена, распространённые у татар, башкир и других тюркских народов, обрастали русским окончанием, чтобы вписаться в документальную систему Российской империи.

Интересно, что само имя Музагит в арабском мире чаще встречается в форме Музахит, с буквой «х». В тюркской среде, и особенно в башкирском и татарском языках, звук «х» часто смягчался или переходил в «г», что и закрепилось в написании Музагит. Поэтому фамилия Музагитова — это не только память о предке, но и живое свидетельство фонетических процессов, которые происходили при переносе арабских имён на тюркскую почву.

Фамилия эта довольно редкая, и встретить её можно преимущественно в Поволжье и на Урале, в регионах с компактным проживанием башкир и татар. Сословной принадлежности первых носителей фамилии мы точно не знаем, но в тех краях фамилии на -ов от мусульманских имён получали и крестьяне, и служилые люди, и торговцы, так что предки Музагитовых могли принадлежать к разным слоям общества. Сейчас носители фамилии встречаются и за пределами этих регионов, что отражает обычную миграцию семей в советское и постсоветское время.