Фамилия Музагитовы, как и многие фамилии тюркских народов, произошла от мужского личного имени Музагит. Это имя имеет арабские корни и переводится как «старающийся», «усердный» или «борец за веру, защитник народа». Родители, давая такое имя сыну, вкладывали в него пожелание, чтобы мальчик вырос достойным мусульманином, стойким в вере и готовым защищать свою общину.

По своей словообразовательной модели фамилия Музагитовы — классический отчество, то есть образовано от имени отца. К основе Музагит добавили русский патронимический суффикс -ов, который у восточных народов закрепился при оформлении фамилий в официальных документах. Так потомки человека по имени Музагит стали носить фамилию Музагитовы, отвечающую на вопрос «чьи вы будете?» — «внуки и правнуки Музагита».

Стоит обратить внимание, что имя Музагит — это одна из форм более распространенного арабского имени Муджахид. В тюркской языковой среде, особенно у татар и башкир, звук «дж» часто смягчался или переходил в «з», что и дало форму Музагит. В этом проявляется характерная черта регионального бытования имени, которая делает фамилию самобытным памятником восточной культуры именно в ее волго-уральском варианте.

Встречаются также варианты написания и произношения фамилии — Музагитов и Музагитова (для женщин). В некоторых семьях могла закрепиться форма Музагитовы с ударением на второй слог, в других — на третий, что зависит от местных говоров. Сама фамилия не указывает на конкретное сословие: ее могли носить и крестьяне, и служилые люди, и представители духовенства, поскольку имя было широко распространено среди разных слоев населения.

Однако процесс формирования каждой конкретной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Музагитовы можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований, которые учитывают историю конкретного рода, его переселения и записи в метрических книгах.