Фамилия Музаитова женская, мужской вариант — Музаитов. С точки зрения словообразования это типичная русская фамилия на -ов/-ев, но вот основа у неё неочевидная. Суффикс -ит- в русских фамилиях встречается редко и чаще указывает на заимствованное происхождение корня. В данном случае наиболее вероятно, что в основе лежит арабское или тюркское имя Музаит (Музайит), которое восходит к арабскому «музайид» — «увеличивающий», «приумножающий». В мусульманском именослове это одно из имён, образованных от корня з-й-д со значением роста и прибавления.

Второй вариант, менее распространённый, — связь с тюркским словом «музай» (музей) или диалектным прозвищем, но он слабее подтверждён ономастикой. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, фамилии на -итов обычно относят к восточным заимствованиям, проникшим через татарскую или башкирскую среду. Поэтому предки носителей фамилии Музаитовых, скорее всего, были крещёными или обрусевшими татарами, башкирами, либо выходцами из Средней Азии, принявшими православие.

Географически фамилия редкая, встречается в Поволжье и на Урале, особенно в Оренбургской области и Башкортостане. Ударение, судя по распространённым примерам, падает на второй слог: Муза́итов. В дореволюционных метрических книгах могли писать и через «а» — Музаитов, и через «о» в окончании — Музаитовъ, что не меняет сути. Социальный статус первых носителей — скорее крестьяне или мещане, реже — служилые татары. Фамилия не дворянская, без герба, но с живой историей миграции народов.