Фамилия Мужельский почти наверняка образована от географического названия, и в этом её главная загадка — точного топонима под рукой нет. Модель на -ский в русской традиции чаще всего указывала на дворянское происхождение (по имени поместья) или на выходца из местечка, села с таким названием. В данном случае основа «Мужель» не встречается в списках известных населённых пунктов России, Украины или Беларуси, что делает фамилию редкой и локальной.

Самый вероятный путь — искажение или диалектное произношение исходного названия. Например, село Мужево, Мужевка или польское Mużel (если допустить западное влияние) могли дать форму «Мужельский» через суффикс -ск- и типичное для фамилий окончание -ий. Реже основой могло стать прозвище Мужель — от древнерусского «муж» (человек, мужчина) с уменьшительным суффиксом -ель, но такая модель для прозвищ нетипична: обычно -ель даёт названия предметов (капель, метель), а не людей.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же редких топонимических фамилий, как Мужевский или Мужальский. Если предки были дворянами, фамилия могла закрепиться за одним родом, владевшим хутором или усадьбой с похожим именем. Если же крестьянами — то по месту, откуда семья переселилась, но тогда топоним должен был существовать в документах XVII–XIX веков. Пока таких данных нет, и фамилия остаётся «тёмной лошадкой» для ономастики — случай, когда корень угадывается, а конкретика теряется в истории.