Фамилия Муженя — яркий пример того, как прозвище, данное человеку, со временем закрепилось в качестве родового имени. В её основе лежит древнерусское слово «муж», которое в XI–XIII веках имело более широкий спектр значений, чем сегодня. Это не только супруг, но и свободный человек, воин, дружинник, а также мужчина в расцвете сил. Уменьшительно-ласкательный суффикс «-еня» (как в словах «дядя» → «деня», «сын» → «сыненя») придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, ироничного уменьшения. Таким образом, Муженя — это «маленький муж» или «мужичок», причём слово «мужичок» в старину часто означало не крестьянина, а человека невысокого роста, но крепкого и хозяйственного.

Модель образования фамилии — типичная для западнорусских земель. Суффикс «-еня» характерен для белорусской, украинской и польской ономастики (сравните: Коваленя, Казаченя, Сидореня). В России фамилии на «-еня» встречаются реже, но не являются исключением — их могли принести переселенцы из Речи Посполитой. Поэтому с высокой вероятностью предки носителей фамилии Муженя происходят из современной Беларуси, западных областей Украины или Смоленщины. В польском языке есть схожая фамилия Mężenia, что лишний раз подтверждает западный след.

Социальный контекст прозвища прост: в крестьянской и мещанской среде человека могли прозвать Муженей за его небольшой рост, но при этом хозяйственную хватку, или же за то, что он рано женился и стал «мужем» в юном возрасте. Прозвище не несло уничижительного оттенка — скорее, это была бытовая характеристика, закрепившаяся за конкретным человеком. Официально фамилия Муженя фиксируется в метрических книгах XIX века на территории Могилёвской и Витебской губерний, что подтверждает её белорусское происхождение.

В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые указывали на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), фамилия Муженя сохранила исходное прозвище без дополнительных суффиксов. Это архаичная, «непатронимическая» модель, которая в русской традиции встречается реже и ценится как свидетельство древнего, догербового слоя именований.