Фамилия Мужикин — редкий случай, когда основа слова почти не оставляет пространства для догадок, но заставляет задуматься о социальном контексте. В её основе лежит слово «мужик», но не в сегодняшнем, а в дореволюционном значении: свободный крестьянин-земледелец, а не просто «грубый человек». Фамилию образовали по стандартной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Мужикин буквально означает «сын мужика» или «человек из семьи Мужика». Такой суффикс типичен для прозвищ и нецерковных имён, оканчивающихся на -а/-я.

Интересно, что фамилия не дворянская и не купеческая: в среде высших сословий слово «мужик» было скорее уничижительным, поэтому взять его за основу родового имени мог только крестьянин или ремесленник, для которого это было самоназванием без негативного оттенка. В некоторых говорах «мужик» означало ещё и «муж, супруг» — тогда прозвище могло закрепиться за женатым человеком, но эта версия менее вероятна из-за общей распространённости именно социального значения.

У фамилии есть параллельная форма — Мужиков, которая встречается чаще. Разница в суффиксе: -ов присоединялся к основам на твёрдый согласный («мужик» даёт «мужиков»), а -ин — к основам на -а/-я. Форма Мужикин могла возникнуть в говорах, где слово склоняли по-особому, или как вариант, закрепившийся при переписи из-за ошибки писаря. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где фамилии на -ин особенно характерны.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Мужикин не упоминается отдельно, но модель разобрана на примере Мужиков: автор относит её к группе фамилий от названий лиц по социальному положению. Это значит, что предок носителя фамилии был не просто крестьянином, а, вероятно, имел устойчивое прозвище «Мужик» — за крепкое хозяйство, упрямство или просто потому, что так его называли соседи. Никаких дворянских корней или связи с известными историческими личностями у фамилии нет, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — из народной гущи.