Фамилия Мягкоголов — редкий пример «говорящей» фамилии, которая образовалась не от имени или профессии, а от прозвища по внешнему признаку или складу ума. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, она сохранила форму прилагательного в именительном падеже, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции (сравните с фамилиями Долгорукий, Кривонос, Сухоруков). Основа — словосочетание «мягкая голова», которое в народе имело два основных значения.

Первое — буквальное. Мягкоголовым могли прозвать человека с мягким, податливым характером, уступчивого, незлобивого. В крестьянской среде такое прозвище нередко давали с оттенком снисходительности или лёгкой иронии: не «твердолобый», не упрямый, а покладистый, с кем легко договориться. Второе значение — медицинское или бытовое: у младенцев с незакрытым родничком в народе говорили «мягкая голова»; прозвище могло закрепиться за человеком, который в детстве долго не заращивал родничок, или за тем, кто перенёс травму головы.

Модель образования здесь нестандартная. Фамилии, построенные по схеме «прилагательное + существительное в роли второго корня», в русском языке обычно застывали в форме родительного падежа (Мягкоголова) или получали суффикс -ов (Мягкоголовов). Вариант Мягкоголов — чистое прозвище, которое не стали переделывать в патроним. Это указывает на позднюю фиксацию фамилии (скорее всего, не раньше XVIII–XIX века) или на её книжное происхождение: иногда такие фамилии давали в духовных училищах и семинариях, переосмысляя фамилии учеников на церковнославянский лад. Однако для Мягкоголова семинарская версия маловероятна — слишком бытовой и неблагозвучный корень для искусственной фамилии.

Географически фамилия встречается единично. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, основная масса носителей сосредоточена в Центральной России и Поволжье, с единичными записями на юге. В Украине и Беларуси она практически не фиксируется, хотя модель «голая основа» там распространена шире.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается — это говорит о её редкости и локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в одном-двух селениях как прозвище конкретного человека и не дала массового потомства. Носителям фамилии стоит искать корни в метрических книгах второй половины XIX века: если предки были государственными крестьянами или мещанами, прозвище могло перейти в фамилию при переписи. Версия о дворянском происхождении практически исключена — в родословных книгах таких фамилий нет.