Фамилия Мякиньков — один из тех случаев, когда прозвище предка оказалось прочнее, чем его официальное имя. В основе лежит слово «мякина» — отходы при обмолоте зерна: шелуха, полова, измельчённая солома. В крестьянском быту мякина шла на корм скоту, но в переносном смысле «мякиной» называли человека вялого, бесхарактерного или пустого, от которого «ни ума, ни проку». Прозвище Мякинька, скорее всего, дали нерасторопному или слабому мужику — ирония судьбы в том, что фамилия закрепилась и пережила века.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мякиньков — значит «сын Мякиньки». Форма на -ин здесь была бы ожидаема (Мякинькин), но вариант с -ов встречается реже и может говорить о том, что фамилия оформилась в северных или центральных регионах, где -ов постепенно вытеснял -ин в прозвищных фамилиях. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от прозвищ с основой на мягкий согласный нередко получали двойное оформление, и Мякиньков как раз пример такого колебания.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральным областям России. Встречается в Тверской, Ярославской, Нижегородской губерниях — там, где овёс и рожь были основными культурами, а мякина — привычным атрибутом хозяйства. В переписных книгах XVII–XVIII веков могли зафиксировать крестьянина Мякиньку, чьё потомство уже писалась как Мякиньковы. Дворянских корней у фамилии нет: она из числа тех, что называют «мужицкими», но от этого не менее устойчивыми.

Любопытно, что фамилия сохранила ударение на втором слоге — Мяки́ньков, хотя логичнее было бы на первом (Мя́киньков). Это говорит о том, что прозвищная основа (Мякинька) произносилась с ударением на «и», и фамилия унаследовала именно этот говорный вариант. Встречаются искажённые написания — Мякиньков, Мякинков, но исходная форма с мягким знаком и суффиксом -ов остаётся основной.