Фамилия Мяльцына — женская форма мужской фамилии Мяльцын. В основе этой фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мялец. В русской традиции суффикс -ец часто образовывал названия людей по характерному признаку или действию: например, «ленивец» от «ленивый», «купец» от «купить». Здесь корень «мяль-» указывает на глагол «мять» или «мялить» (мять, тискать, разминать). Скорее всего, Мяльцем называли человека, который мял лён или кожу — это была конкретная ремесленная специальность. В крестьянском быту мятьё льна было обязательной и трудоёмкой операцией после трепания: волокно размягчали, чтобы оно стало пригодным для прядения. Человек, постоянно занятый этим делом, мог получить прозвище Мялец, которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «мяльца» — так в некоторых говорах называли мялку для льна, то есть само орудие труда. В этом случае Мяльцын мог означать «сын того, кто делает мяльцы» или «сын Мяльца» (владельца инструмента). Однако фамилии от названий орудий труда встречаются реже, чем от прозвищ по роду занятий.

Фамилия Мяльцын — относительно редкая. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мяльцын, то есть сын Мяльца. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, её носители, скорее всего, происходят из среды ремесленников или крестьян, занимавшихся обработкой льна. Встречается фамилия преимущественно в Тверской, Псковской и Новгородской областях — регионах, где исторически было развито льноводство.