Фамилия Мульцына — женская форма, а мужская, Мульцын, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: через суффикс -ин от основы, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — «Мульц-», а -а — окончание, указывающее на принадлежность к женскому роду. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть отвечающая на вопрос «чей?»: чей сын? — Мульцын, чья дочь или жена? — Мульцына.

Ключ к происхождению — в основе «Мульц». Она не имеет однозначного толкования, и здесь возможны два основных пути. Первый: это вариант имени или прозвища Муль, которое могло быть сокращением от крестильного имени Емельян (просторечная форма Емельян — Емеля, от него — Муль, Мулька). Такие усечения были обычны: из Емельян получали Емеля, а затем и более короткие варианты. Мульцын в таком случае означает «потомок Муля». Второй, более редкий путь: основа связана с диалектным словом «муль» — в некоторых говорах так называли моль, мелкое насекомое, или же давали прозвище человеку с неспокойным, «суетливым» характером (как моль). Прозвища от названий насекомых в русской ономастике встречаются, но реже, чем от имён.

Если опираться на частотность и логику словообразования, первая версия — от имени Емельян через форму Муль — выглядит правдоподобнее. В этом случае предок носителя фамилии был просто сыном человека по прозвищу Муль, а само прозвище — домашнее, уменьшительное, от полного крестильного имени. Фамилия не указывает на сословие: её могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство — модель на -ин универсальна. Географически фамилия Мульцын (и Мульцына) встречается спорадически, преимущественно в центральных и северных областях России, но массового распространения не имеет, что говорит о её относительно позднем закреплении и локальном бытовании.