Фамилия Мыгрина — один из тех случаев, когда суффикс -ин указывает на происхождение от прозвища, а не от церковного имени. В основе лежит слово «мыгрить» или «мыга». В русских говорах «мыга» — это человек, который мыкается, скитается, не имеет постоянного пристанища, или же тот, кто суетится, ходит без дела. Корень здесь тот же, что и в слове «мыкаться» (испытывать нужду, перебиваться с места на место). Таким образом, первого носителя фамилии могли прозвать Мыгрой за беспокойный образ жизни или за привычку постоянно куда-то спешить.

Формант -ин (а не -ов) — верный признак того, что прозвище оканчивалось на -а или -я: Мыгра → Мыгрин, а его жена и дети — Мыгрины. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где -ин встречается чаще, чем на юге. Сама фамилия редкая и не встречается в массовых боярских или дворянских списках, что указывает на крестьянские или посадские корни. Вряд ли это искусственное семинарское образование — слишком прозрачная бытовая основа.

Существует и менее вероятная версия: связь с диалектным «мыга» в значении «плут, хитрец». Но основное значение — «скиталец» или «суетливый человек» — подкрепляется глагольной формой «мыгрить» (бродить, шататься). Если искать аналоги, то фамилия Мыгрина стоит в одном ряду с Мыкаловым, Мыкалкиным, Скитальцевым — все они образованы от прозвищ, описывавших жизненные обстоятельства или характер человека. В современной России носители фамилии встречаются рассеянно, без ярко выраженного регионального гнезда, что тоже косвенно подтверждает «неоседлую» историю её происхождения.