Фамилия Мыкитенко звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев: обозначает потомка, сына, а в более широком смысле — принадлежность к роду. Буквально Мыкитенко — это «сын Мыкиты» или «потомок Мыкиты». Основа здесь — народная форма имени Никита. В украинском языке начальное «н» часто переходило в «м» под влиянием соседних звуков или просто как диалектная черта, отсюда и появилось Мыкита вместо Никиты.

Имя Никита пришло на Русь из греческого (Νικήτας — «победитель»), было популярно среди всех сословий, и его производные породили целый куст фамилий: Никитенко, Микитенко, Мыкитенко. Форма Мыкитенко с «ы» — это уже более узкий диалектный или фонетический вариант, который закрепился в письменных источниках. Скорее всего, предки носителя фамилии жили в центральных или восточных регионах Украины, где «ы» произносилось отчетливо, или же фамилия фиксировалась писарями под влиянием местного говора.

С точки зрения словообразования, модель проста: основа Мыкит- + суффикс -енко. Никаких дополнительных приставок или усложнений нет. Это одна из тех фамилий, которые не несут в себе прозвищного значения, а прямо указывают на имя отца. Кем был сам Мыкита — сказать невозможно: он мог быть и крестьянином, и казаком, и мещанином. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках активно распространялись среди казацкой старшины и крестьян Левобережной Украины, так что социальный спектр широк.

Встречается фамилия Мыкитенко и сейчас, но нечасто. Её географическая привязка — преимущественно Украина, особенно Полтавская, Черкасская, Киевская области, а также южные регионы России, куда переселялись украинцы. В официальных документах XIX века её могли записать с разными окончаниями: Мыкитенко, Микитенко, Никитенко — в зависимости от грамотности писаря. Так что если у вас в роду встречаются варианты написания, это не ошибка, а отражение живой устной традиции.