Фамилия Мыкытенко — характерный пример украинской антропонимии с прозрачной словообразовательной структурой. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской ономастике, указывает на происхождение по отцу: исходно он означал «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. В данном случае корень — Мыкыта, украинская народная форма имени Никита.

Имя Никита пришло на Русь из греческого языка (νικητής — «победитель»). В украинской среде оно получило характерные звуковые изменения: начальное «н» перешло в «м» под влиянием местных говоров, а также закрепилось в формах Мыкыта, Микыта. Фамилия Мыкытенко, таким образом, буквально означает «сын Мыкыты», то есть потомок человека по имени Никита. Сравните с однокоренными украинскими фамилиями: Мыкитенко, Микитенко, Мыкитюк — все они образованы от того же имени, но с разными суффиксами.

Географически фамилия Мыкытенко наиболее характерна для центральных и восточных областей Украины — Полтавщины, Черкащины, Сумщины, а также для южных регионов, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне. В России эта фамилия встречается реже и обычно фиксируется как результат миграции украинского населения, особенно в периоды столыпинской аграрной реформы и индустриализации.

Интересная особенность написания — буква «ы» в корне. В современных украинских фамилиях чаще пишут «и» (Микитенко), а форма с «ы» отражает либо старую орфографию, либо влияние русского письма при записи фамилии в документах. В любом случае, это один из вариантов одного гнезда фамилий, которые все восходят к имени Никита. Сословной принадлежности у фамилии не было: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане, поскольку имя было широко распространено во всех слоях украинского общества.