Фамилия Мыколаенко образована от имени Мыкола (или Мыколай) – украинского и белорусского аналога имени Николай, которое восходит к греческому Nikolaos, где nika означает «побеждать», а laos – «народ». В 1570 году он остановил Грозного, явившегося громить город. Таким образом, потомок человека, которого звали Мыкола (Мыколай), со временем получил фамилию Мыколаенко.