Фамилия Мысаев — редкий случай, когда корень слова вызывает больше споров, чем суффикс. Сама модель типична для тюркских фамилий, вошедших в русский обиход: основа на гласный плюс русский патронимический суффикс -ев (вместо -ов после мягкого или шипящего). То есть Мысай + ев = «сын Мысая». Вопрос в том, что скрывается за именем Мысай.

Самая прямая версия отсылает к тюркскому имени Мыса (Муса) — арабскому варианту библейского Моисея. В татарской и башкирской среде форма Мысай — это ласкательный или обиходный вариант этого имени, как Миша от Михаила. Тогда Мысаев означает «потомок Мысая», то есть человека, носившего имя пророка Мусы. Эта версия правдоподобна и подтверждается географией: фамилия встречается у татар, башкир и в кавказских регионах, где исламские имена распространены.

Вторая версия сложнее и уходит в доисламские тюркские прозвища. Слово «мыс» в тюркских языках может означать «рог», «выступ», «острый конец» — например, у карачаево-балкарского «мыйы» (рог) или ногайского «мыс» (мыс, выступ). В этом случае прозвище Мысай могли дать человеку с характерной внешностью (острый нос, выступающий лоб) или упрямому, «бодающемуся» нраву. Однако эта связь менее надёжна, так как требует дополнительных фонетических допущений.

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России и на севере — её ареал тяготеет к Поволжью, Предуралью и Северному Кавказу. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков её нет, что косвенно указывает на позднее оформление (XIX век), когда у тюркских народов начали массово закреплять фамилии по отцу.

С точки зрения сословной истории, Мысаевы скорее всего были крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится. Но это не делает фамилию «простой»: она несёт в себе память о кочевых или полуоседлых предках, которые могли быть и скотоводами, и воинами, и ремесленниками.