Фамилия Мызников происходит от прозвища Мызник, и в её основе лежит слово «мыза». Так в северо-западных русских говорах и в Прибалтике называли отдельный загородный дом с хозяйством, хутор или заимку. Поэтому первая и самая правдоподобная версия: Мызником называли владельца или арендатора такой усадьбы. Человек, державший мызу, был заметной фигурой в деревне, и его хозяйственный статус легко закреплялся в прозвище, которое затем перешло к потомкам в форме отчества на -ов.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. Она возводит прозвище к украинскому слову «мизатий» — «толстощёкий». В этом случае фамилия указывала бы не на род занятий, а на внешнюю особенность предка: полноту лица или округлые щёки. Эта гипотеза слабее, поскольку требует допущения о миграции носителя прозвища из украинских земель, тогда как слово «мыза» и производные от него органично бытуют именно на русском Севере и северо-западе.

Сама словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: прозвище Мызник (кто имеет отношение к мызе) плюс притяжательный суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей сын?». Так потомок Мызника становился Мызниковым. Фамилия встречается в документах с XVII века, когда за крестьянами и посадскими людьми начали массово закрепляться наследственные прозвания. В переписных книгах тех лет мызниками нередко называли приказчиков и управляющих на мызах, что косвенно подтверждает первую версию.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения по всей России, а тяготеет к регионам, где мызы были частью хозяйственного уклада: Новгородская, Псковская, Тверская губернии, а также земли, граничащие с Прибалтикой. Встречается она и в Сибири, куда её занесли переселенцы в XIX веке. Таким образом, фамилия Мызников — это не только семейное имя, но и маленький маркер географического и хозяйственного ландшафта, в котором жил её первый носитель.