Фамилия Мызникова образована от прозвища Мызник, и чтобы понять её смысл, нужно разобраться, что стояло за этим словом в старину. Самая вероятная версия связывает прозвище с существительным «мыза» — так в северо-западных русских говорах и в Прибалтике называли отдельный загородный дом с хозяйством, хутор или арендованную усадьбу. В этом случае Мызником называли владельца такой усадьбы, управляющего ею или арендатора. Прозвище закреплялось за человеком, который был тесно связан с мызой: либо жил на ней, либо распоряжался хозяйством. Именно эта версия выглядит наиболее убедительной, поскольку слово «мыза» было широко распространено в тех регионах, где фамилия встречается чаще всего.

Есть и альтернативное объяснение, но оно менее надёжно. Согласно ему, прозвище Мызник могло восходить к украинскому слову «мизатий» — «толстощёкий». Если придерживаться этой гипотезы, то фамилия указывала бы на внешние особенности предка, например на круглое лицо или полноту. Однако такая трактовка сталкивается с трудностями: в украинском языке основа звучала бы иначе, и маловероятно, что она дала бы именно форму «Мызник». Поэтому лингвисты чаще склоняются к «усадебному» значению, хотя полностью исключать вторую версию нельзя — в каждом роду могла быть своя история.

Суффикс «-ник» в прозвище Мызник действует по той же модели, что и в словах «охотник», «садовник» или «огородник»: он указывает на человека по роду его занятия или месту проживания. Так что Мызник — это буквально «тот, кто при мызе», человек, чья жизнь или работа была связана с усадьбой. Позже, когда потомки стали оформлять фамилии, к основе Мызник добавился типичный русский суффикс принадлежности «-ов», а окончание «-а» указывает на женскую форму, то есть Мызникова — это «дочь или жена Мызника».

Фамилия Мызникова встречается в основном в регионах, исторически связанных с новгородскими и псковскими землями, а также на Русском Севере, где понятие «мыза» было привычным. Это косвенно подтверждает первую версию: прозвище рождалось там, где сама реалия — отдельная усадьба с хозяйством — была частью повседневной жизни. В документах фамилия фиксируется с конца XVIII — начала XIX века, когда крестьяне и мещане массово получали официальные фамилии. До этого момента прозвище Мызник могло передаваться от отца к сыну без изменений, пока не закрепилось в форме Мызников и Мызникова.