Фамилия Набатников прямо отвечает на вопрос, кем был её первый носитель: человеком, связанным с набатом. В основе лежит прозвище Набатник, а оно, в свою очередь, произошло от нарицательного «набат» — сигнала тревоги, который подавали ударами колокола при пожаре или другом бедствии. Само слово восходит к арабскому naubat, что означает «барабанный бой», и пришло в русский язык через тюркское посредничество.

Скорее всего, прозвище Набатник относилось к «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий. Так могли называть человека, в чьи обязанности входило оповещать людей об опасности: церковного сторожа, который бил в колокол, или глашатая, объявлявшего тревогу на площади. Это самая правдоподобная версия, поскольку она опирается на прямое значение слова.

Но у прозвища была и вторая, шутливая сторона. В некоторых говорах Набатником иронично называли суетливого человека, который поднимал шум и тревогу по каждому, даже незначительному поводу. Так могли прозвать вспыльчивого или мнительного соседа, вечно находящегося в напряжении. Эта версия не противоречит первой: прозвища часто давались не по профессии, а по характеру, и оба значения могли сосуществовать в разных регионах.

Суффикс -ник в основе указывает на деятеля: набатник — тот, кто имеет отношение к набату. А фамильный суффикс -ов присоединился по стандартной модели, отвечая на вопрос «чей сын?». Так потомок человека с прозвищем Набатник становился Набатниковым. Фамилия закрепилась в формах притяжательного падежа, как и большинство русских фамилий, образованных от прозвищ.

Интересно, что фамилия не слишком распространена, что косвенно подтверждает её происхождение от прозвища, а не от массового профессионального именования. Если бы Набатниковы происходили от целого сословия звонарей, фамилия встречалась бы чаще. Скорее всего, она возникла в нескольких отдельных семьях независимо друг от друга, в разных местностях, где прозвище давали по одной из двух описанных причин.