Фамилия Набатникова образована от прозвища Набатник. В его основе лежит нарицательное «набат» (от арабского naubat — «барабанный бой») — сигнал к сбору людей в случае пожара или другого бедствия, подаваемый ударом колокола. Вероятно, прозвище Набатник относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека: так называли того, кто оповещал людей об опасности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Набатник, со временем получил фамилию Набатникова.