Фамилия Наберухин — редкий пример того, как прозвище, связанное с бытом и хозяйством, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит прозвище Наберуха, а само слово, скорее всего, восходит к нарицательному «набируха». Так в старину называли лукошко или корзинку для сбора ягод, грибов и прочего. Отсюда первая версия происхождения: основатель рода мог быть заядлым грибником или же заниматься плетением корзин-набирух. Прозвище быстро прилипало к человеку, чьё занятие или привычка были у всех на виду.

Изменение «е» на «и» в корне — не ошибка, а естественное следствие произносительной нормы: в безударном положении «е» звучит как «и», поэтому на письме со временем закрепился именно такой вариант. Это частая история для фамилий, которые формировались устным путём, без участия писцов и канцелярий.

Существует и вторая версия, более деятельная. Прозвище Наберуха могли связать с глаголом «набирать», то есть «собирать, сносить в одно место». В этом случае прозвище получал наборщик — человек, который вёл набор людей на военную службу. Такая должность была заметной и хлопотной, поэтому именование легко могло закрепиться за человеком и перейти к его детям.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наберухин буквально означает «сын Наберухи», потомок человека с этим прозвищем. Модель образования простая и древняя, характерная для северных и центральных русских земель, где такие «семейные» прозвища бытовали особенно широко.

Самобытность фамилии в том, что она сохранила память о слове, которое сегодня почти ушло из живого языка. «Набируха» — конкретный, осязаемый предмет крестьянского обихода, и это делает фамилию своеобразным памятником славянской материальной культуры. Однако не стоит забывать: процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Наберухин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые учитывают и диалектные особенности, и социальный контекст эпохи.