Фамилия Надежников происходит от прозвища Надежник, которое восходит к прилагательному «надежный». Так могли называть крепкого, храброго мужчину, надёжного защитника и опору семьи. Однако у этой фамилии есть и вторая версия происхождения — искусственная. В таком случае благозвучную фамилию могли дать ученику семинарии в награду за блестящие успехи в учёбе. Подобная практика была распространена в духовных училищах, где будущим священникам нередко меняли бытовые прозвища на более возвышенные и абстрактные фамилии.

Родственные фамилии — Надеждин, Надеждинский, Надеждов — все они образованы от той же основы и различаются лишь суффиксальными моделями. В труде С. Веселовского упоминаются близкие прозвища: Надежа Михайлович Игнатьев, живший в первой половине XVI века, и Надежа Богданович Владыка из Коломны, относившийся к XVI столетию. Эти примеры показывают, что корень «надеж-» использовался в личных именованиях задолго до закрепления фамилий.

Прозвище Надежник закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии. Потомок человека с таким прозвищем получал фамилию Надежников. Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Надежников можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.