Фамилия Нафальская — редкая, и её разговор стоит начать не с корня, а с модели: суффикс -ск- указывает на географическое или топонимическое происхождение. Такие фамилии чаще всего получали дворяне по названию своих поместий, а позже — выходцы из сёл и городов, оканчивающихся на -ск, -цк. Значит, предок носителя фамилии либо владел землёй, либо просто жил в месте с похожим названием.

Сама основа — Нафаль — неочевидна. Можно предположить, что это искажённое или диалектное написание топонима Нафтали или Нафтала. В Европе известно местечко Нафтали (Naftali) в Польше или на территории бывшей Речи Посполитой. Если так, фамилия указывает на выходца из этого населённого пункта. Другая версия — связь с еврейским именем Нафтали (одно из колен Израилевых), но тогда фамилия скорее звучала бы как Нафталевич или Нафталин. Форма Нафальская по суффиксу тяготеет скорее к польской или западнорусской шляхетской традиции.

Есть и более бытовая гипотеза: основа могла произойти от прозвища Нафала — человека, который «нафалил», то есть навалил, натворил что-то. В русских говорах слово «нафалить» означало «наделать, навалить», часто в ироничном смысле. Но тогда фамилия должна была бы писаться с суффиксом -ов/-ев: Нафалов. Появление -ск- здесь маловероятно для прозвищной фамилии крестьянина.

Итак, наиболее правдоподобно: Нафальская — топонимическая фамилия, образованная от названия населённого пункта (возможно, Нафтали или Нафалы). Носитель фамилии, скорее всего, происходит из мелкопоместной шляхты или из крестьян, переселившихся из такого места. Где именно находилось это село — вопрос к краеведам, но география фамилии, судя по редкости, скорее всего, западная или центральная Россия, либо Беларусь.