Фамилия Наговицын происходит от прозвища Ноговица, а оно восходит к древнерусскому слову «ногавица» — так называли вид обуви или одежды, прикрывающей ноги. Проще говоря, ноговицами в старину именовали либо чулки, либо штанины, либо своего рода обмотки. Прозвище Ноговица могли дать человеку, который носил такую одежду, шил её или просто получил её в подарок, — точное повод для прозвища сейчас уже не установить, но связь с предметом быта очевидна.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Ноговица добавили суффикс -ын, обозначающий принадлежность, то есть «Наговицын» буквально значит «сын Ноговицы». Форма с приставкой На- вместо Но- — результат аканья, когда безударное «о» на письме закрепилось как «а». Такое встречается во многих фамилиях, и Наговицын — яркий пример того, как живое произношение повлияло на письменную фиксацию.

Самые ранние упоминания фамилии относятся к XV–XVI векам. В работах историка и археографа Степана Веселовского встречаются Ногавицын Василий Иванович, вторая половина XV века, и князь Петр Федорович Наговицын, 1560 год. То, что среди носителей был князь, говорит о распространении фамилии не только среди крестьян и посадских, но и в среде служилого дворянства. Впрочем, основная масса Наговицыных, вероятно, происходила из простых людей, где прозвища по предметам одежды были обычным делом.

Интересная деталь: написание через «а» закрепилось именно в русской традиции, тогда как в белорусском и украинском языках аналогичная фамилия чаще выглядит как Ногавицын или Ногавец. Это ещё раз подтверждает, что форма Наговицын — чисто русская, сформированная под влиянием северного и среднерусского произношения. Сегодня фамилия встречается по всей России, но чаще всего — в регионах, где исторически было сильно акающее произношение: в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVII–XIX веках.