Фамилия Ноговицын ведет начало от прозвища Ноговица, а оно, в свою очередь, — от древнерусского слова «ногавица». Так называли вид обуви или одежды, прикрывающей ноги: чулок, портянку, а в некоторых говорах и штанину. Проще говоря, предок, получивший такое прозвище, либо носил характерную, заметную обувь, либо, что вероятнее, сам ее шил или продавал. В старину прозвища по предметам одежды и обуви были распространены не меньше, чем по ремеслу или внешности.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе на -а (Ноговица) добавляется патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Ноговицы». Поэтому фамилия Ноговицын буквально означает «потомок человека по прозвищу Ноговица». Важно не путать с фамилией Наговицын: хотя они звучат почти одинаково, вторая форма чаще связана с диалектным аканьем (произношением «о» как «а») и с тем же корнем, но закрепилась в написании через «а».

Исторические документы подтверждают древность фамилии. С. Б. Веселовский в своих ономастических трудах упоминает Ногавицына Василия Ивановича, жившего во второй половине XV века, и князя Петра Федоровича Наговицына, упомянутого в 1560 году. Эти записи показывают, что прозвище не было редким и встречалось даже в княжеской среде, хотя чаще, конечно, его носили люди попроще — крестьяне и посадские. Таким образом, потомок человека, обладавшего прозвищем Ноговица, со временем получил фамилию Ноговицын, которая закрепилась за его родом.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, образованных от имен или профессий, Ноговицын сохранил связь с конкретным бытовым предметом. Это делает его своеобразным маркером повседневной жизни Древней Руси, где слово «ногавица» было вполне обычным. Сегодня фамилия встречается преимущественно в северных и центральных регионах России, что косвенно подтверждает ее давнее бытование в этих землях.