Фамилия Ноговицына — женская форма фамилии Ноговицын. В её основе лежит не имя и не ремесло, а предмет одежды: ноговица. Так в старину называли часть обуви или одежды, закрывающую голень — что-то вроде гетры, чулка или голенища. В разных говорах слово могло означать и просто штанину, и меховую опушку на сапоге. Человек, получивший прозвище Ноговица, мог либо носить такую деталь туалета, отличавшую его от других, либо шить или продавать ноговицы. Прозвища по предметам одежды в русской традиции встречаются часто (например, Шубин, Лаптев), но «Ноговицын» среди них выделяется редкостью исходного слова.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ноговицын — буквально «сын Ноговицы» или «человек из семьи Ноговицы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Если бы основа была мужского рода (Ноговиц), фамилия звучала бы как Ноговицев, но закрепился именно вариант с -ин, что подтверждает древнюю форму прозвища.

Интересная деталь: в северных говорах, особенно в архангельских и вологодских, слово «ноговица» было более употребительно, чем в центральной России. Поэтому логично предположить, что географические корни фамилии — Русский Север или Поморье. Перепись населения и архивные записи это косвенно подтверждают: Ноговицыны встречаются в старых документах по Вологодской и Архангельской губерниям значительно чаще, чем в южных областях. Сословная принадлежность носителей была разной — от крестьян до купцов и мещан, то есть фамилия не закрепилась за каким-то одним социальным слоем.

Встречается и вариант написания через «а» — Наговицын. Он возник из-за акающего произношения: в безударной позиции «о» звучало как «а», и на письме это закрепилось. Обе формы — Ноговицын и Наговицын — восходят к одному и тому же прозвищу, и их носители в прошлом могли быть однофамильцами в прямом смысле, пока грамматическая норма не развела их по разным паспортам.