Фамилия Наливкин происходит от прозвища Наливка, которое давали человеку, связанному с приготовлением или продажей наливок. В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля «наливка» — это настоянная на ягодах жидкость, в первую очередь водка: вишнёвка, смородиновка, малиновка. Прозвище закреплялось за тем, кто делал такие напитки или любил их, а затем перешло в фамилию через стандартную модель с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей-то сын, потомок Наливки».

Интересно, что история этой фамилии уходит в особенности древнерусского быта. На Руси не выращивали виноград, поэтому вино для церковного таинства привозили из Византии. Хмельными напитками служили сброженный мёд и пиво, причём последнее считалось напитком низким, языческим. Позже алкогольные напитки стали делать не только для увеселения, но и в целебных целях, а винокурная монополия оказалась привилегией дворянства и высшего сословия. В этом контексте и возникли так называемые «алкогольные» фамилии — Наливкин среди них. Прозвище Наливка стало привычным именованием человека, а со временем легло в основу фамилии.

Среди известных носителей — Владимир Петрович Наливкин (1852–1918), русский офицер, участник Среднеазиатских походов, этнограф и исследователь Средней Азии, автор первых русско-узбекских словарей и государственный деятель. Его биография показывает, что фамилия не была привязана к одному сословию: потомки тех, кто когда-то варил наливки, могли подняться до офицерства и науки. Впрочем, точных сведений о происхождении конкретной ветви Наливкиных нет, и это обычное дело для фамилий, возникших из прозвищ: они не фиксировали род занятий жёстко, а скорее отражали бытовую деталь, которая запомнилась окружающим.