Фамилия Нализько хранит память о прозвище дальнего предка — Нализя. Само прозвище, по самой распространённой версии, восходит к глаголу «нализывать», то есть «полизать всего, попробовать понемногу». Это значение зафиксировано в словаре В. И. Даля, и оно подсказывает, что прозвище носило ироничный или ласкательный оттенок. Скорее всего, Нализей могли прозвать единственного мальчика в семье, всеобщего любимца, которого все «зализывали» вниманием и заботой.

Впрочем, есть и другая, не менее интересная версия. Она связывает прозвище с украинским глаголом «налiзти», то есть «налезать». В старину этот глагол, который в современном русском языке считается просторечным, употреблялся в значении «устать, утомиться». Если придерживаться этой трактовки, то Нализей могли прозвать трудолюбивого человека, который много работал и буквально валился с ног от усталости.

Сама фамилия образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели с суффиксом -ко, который придаёт фамилии уменьшительно-ласкательный или фамильярный оттенок. Такой суффикс часто закреплялся за прозвищами, подчёркивая их неофициальное, «домашнее» происхождение. Позже прозвище Нализя, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, и закрепилось за потомками в форме Нализько.

Какая из двух версий правдоподобнее — сказать трудно. Первая, «ласкательная», объясняет прозвище через бытовую ситуацию в семье, вторая — через характер или род занятий человека. Обе имеют право на существование, и, возможно, в разных семьях с фамилией Нализько предки получили своё прозвище по разным причинам.