Фамилия Нальковский звучит как типичная польская или западнорусская фамилия, образованная по модели с суффиксом -овский/-евский. Основа здесь — топоним Нальково или Нальки. Таких названий несколько на территории бывшей Речи Посполитой: деревня Нальки в Литве, село Нальково в Польше, а также хутора с похожим именем на Смоленщине и в Беларуси. Фамилию получил человек, который был родом из одного из этих мест, либо владел там землей. Модель «название места + -ский» в XVI–XVII веках была распространена среди шляхты, но позже стала массовой и у крестьян, переселявшихся в города.

Корень «нальк-» неочевиден. В польском языке есть слово «nałek» (в диалектах — «нальк»), означающее «надел», «часть земли», или же глагол «nalec» — «налипать, принадлежать». Однако правдоподобнее, что в основе лежит балтский или славянский гидроним: речка Налька (от литовского «nalėti» — течь, сочиться). Тогда Нальковский — это «тот, кто с речки Нальки». В любом случае, географическая привязка первична: фамилия четко указывает на конкретное место, а не на личное качество предка.

В России фамилия редкая. Встречается в основном на западе страны — в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси. Это говорит о том, что носители не мигрировали далеко от исходной территории. В польских метриках XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в Подляшье и Мазовии, причем вариант написания варьируется: Nalkowski, Nalkowski, иногда с одной «л». В русском написании «Нальковский» устоялось, скорее всего, под влиянием церковнославянской традиции, где мягкий знак передавал палатализацию.

Есть предположение, что фамилия могла возникнуть и от прозвища Налько — уменьшительной формы от имени Назар или Наум (через диалектное «Наль»). Но это менее вероятно: суффикс -овский при именах собственных почти не встречается в такой форме. Обычно от имени образуют фамилии на -ов/-ин (Нальков, Налькин). Так что Нальковский — это почти наверняка «местечковая» фамилия, и предок носителя был либо мелким землевладельцем, либо крестьянином, чья семья получила фамилию по названию деревни, где жила.