Фамилия Налькина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Налькин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Налька. Женская форма Налькина — это грамматический вариант той же фамилии, который закрепился за женщинами.

Основа прозвища «Налька» неочевидна, и здесь возможны два основных пути. Первый — диалектный: в ряде русских говоров, особенно южных и западных, «налька» могло означать что-то вроде «наливка», «настойка» или же быть производным от глагола «наливать». Тогда прозвище мог получить человек, любивший выпить, либо, наоборот, тот, кто занимался приготовлением хмельных напитков — например, корчмарь или пивовар. Вторая, более редкая версия, связывает основу с тюркским словом «нал» — подкова. В таком случае Налькой могли прозвать кузнеца или конюха, но эта гипотеза менее вероятна для чисто русской фамилии с суффиксом -ин, поскольку тюркские основы чаще давали фамилии на -ов.

Примечательна география фамилии. Налькины встречаются не повсеместно, а с заметной концентрацией в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в среде староверов или переселенцев из северных губерний, где диалектная лексика сохранялась дольше. В дореволюционных метрических книгах Налькины числились в основном среди крестьян и мещан, без связи с дворянством.

Если отталкиваться от прозвища «Налька» как от «наливки», то предок современного носителя фамилии мог быть либо весельчаком и гулякой, либо, что более прагматично, содержателем постоялого двора или шинка — ремесло, которое давало устойчивое прозвище. В любом случае, фамилия Налькина — редкий пример того, как за бытовым, почти шуточным прозвищем стоит реальная социальная роль человека в прошлом.