Фамилия Нанакина — женская форма мужской фамилии Нанакин, и её происхождение неочевидно даже для специалиста по русским фамилиям. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который присоединялся бы к очевидному имени или прозвищу. Самая вероятная версия — корень «нанак» восходит к тюркскому слову «нан» — «хлеб». В тюркских языках «нанак» могло означать «хлебный», «относящийся к хлебу», либо быть ласкательным обращением (сравните с татарским «нәнәк» — «хлебушек»). Тогда прозвище Нанак давали пекарю, булочнику или человеку, который торговал хлебом. В русской среде такое прозвище могли «обрусить», добавив суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Нанакин, то есть сын или потомок Нанака.

Есть и другая, более редкая версия: связь с диалектным глаголом «нанакать» — в некоторых говорах так называли невнятную, бормочущую речь или подражание детскому лепету. В этом случае прозвище Нанак мог получить человек с нечёткой дикцией или тот, кто постоянно что-то бормотал себе под нос. Однако эта гипотеза слабее, так как корень не зафиксирован в широких русских говорах и не дал других фамилий.

Географически фамилия Нанакина встречается редко, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы. Это косвенно подтверждает первую версию: фамилия могла возникнуть в среде русских, живших по соседству с татарами или башкирами, которые и принесли прозвище Нанак. В дореволюционных списках фамилия не фиксируется среди дворянства или купечества — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, занятые хлебным ремеслом.

Интересная деталь: в фамилии сохранился редкий для русского языка корень с удвоением «на». Это делает её легко запоминающейся, но одновременно создаёт путаницу при записи — в метрических книгах XIX века можно встретить варианты Нанакина, Нанакина и даже Нонакина. Современное написание закрепилось, скорее всего, в советское время при паспортизации.