Фамилия Наниашвили — грузинская по происхождению, и её разговор нужно начинать с типичного для Закавказья суффикса -швили, что по-грузински означает «ребёнок» или «потомок». Эта модель образования фамилий, распространённая в восточной Грузии (особенно в Кахетии и Картли), указывает на родство по отцу: буквально «сын такого-то». Корень фамилии — мужское имя Наниа. В грузинском ономастиконе это уменьшительная или ласкательная форма от имён Иоанн (Иван) или Нана, причём Нана — древнее женское имя, восходящее к богине-матери в грузинской мифологии. Таким образом, Наниашвили — это «потомок Наниа», то есть человека, которого в быту звали ласково Наниа, что могло быть домашним прозвищем или сокращением от полного имени.

Версия, что основа напрямую связана с грузинским словом «нани» (няня, мать), менее правдоподобна, хотя и встречается в народных толкованиях. Фамильные окончания -швили в грузинской традиции обычно не прикрепляли к нарицательным существительным в прямом значении, а использовали именно с личными именами. Более вероятно, что имя Наниа — это вариант христианского имени Иоанн, адаптированный в грузинской среде (ср. русское «Иван» → «Ваня»).

Географически фамилия Наниашвили привязана к восточным регионам Грузии, и её носители — это, скорее всего, потомки крестьян или мелких дворян (азнаури), поскольку фамилии на -швили в массе своей не были аристократическими, в отличие от княжеских на -дзе или -батонишвили. В XIX веке, после отмены крепостного права, многие грузинские фамилии закрепились в метриках именно в такой форме — по имени деда или отца, без указания сословия. Если искать параллели в русской среде, то Наниашвили — это аналог фамилии Иванов, но с грузинским колоритом: от уменьшительного имени, а не от полного.

В современной России фамилия встречается редко, в основном у потомков грузин, переехавших в советское время. Никакой сложной истории с переосмыслением или искажением написания у неё нет — она сохранила исконную грузинскую форму, что говорит о позднем и прямом заимствовании в русский язык. Единственная деталь, которая может удивить: ударение в фамилии падает на второй слог — Наниа́швили, а не на первый, как иногда произносят по аналогии с русскими фамилиями.