Фамилия Нанишвили — типичный пример грузинской фамилии, образованной по самой распространённой в Грузии модели. Суффикс -швили (შვილი) переводится с грузинского как «дитя» или «ребёнок». В системе грузинских фамилий этот элемент указывает на происхождение от отца или предка, аналогично русским окончаниям «-ов»/«-ев» или «-ин». Поэтому Нанишвили буквально означает «дитя Нани» или «потомок Нани».

Основа фамилии — личное имя Нани. В грузинском языке это имя может быть как мужским, так и женским, хотя чаще встречается как женское, уменьшительное от Анна (Анни) или как самостоятельное имя, означающее «нежная», «малышка». Однако не стоит исключать и версию, что в основе лежит древнее дохристианское имя Нани — в таком случае оно могло быть мужским и восходить к какому-либо языческому божеству или эпитету. В грузинской мифологии Нана — богиня материнства и плодородия, поэтому возможна и отдалённая связь с этим культом.

С географической точки зрения фамилия Нанишвили тяготеет к восточной Грузии, в частности к региону Кахетия. Там суффикс «-швили» встречается особенно часто (в отличие от западногрузинского «-дзе»). Можно предположить, что родоначальник этой фамилии был человеком, которого в общине знали по имени Нани, и его дети и внуки закрепили за собой прозвище «Наниевы дети».

В отличие от русских фамилий, грузинские не дают прямой информации о сословии или ремесле предка. Нанишвили не говорит о том, был ли предок князем или крестьянином — грузинская фамильная система не имела сословных суффиксов (за редким исключением вроде «-ани» у знати). Это просто отчество в третьем поколении, которое стало наследственным. Сейчас носители фамилии живут не только в Грузии, но и в России, Украине и других странах, куда уехали в XX веке.