Фамилия Нанковьй — редкий случай, где графический облик обманчив. На первый взгляд она кажется иноязычной, с польским или литовским оттенком из-за конечного «-ьй». На деле это русская фамилия, записанная в старой, дореформенной орфографии, где твёрдый знак (ъ) ставился после согласных на конце слов, а «й» мог передавать мягкость. Современное написание — Нанков. Мягкий знак в конце — уже результат позднейшего переосмысления или ошибки переписчика.

Основа фамилии — прозвище Нанко. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «нанка» или «нанок» — это ласковое обращение к ребёнку, производное от «нянька», «нянчить». Человек мог получить такое прозвище за заботливый, опекунский характер, за то, что постоянно нянчился с младшими братьями и сёстрами, или, напротив, за излишнюю суетливость и опеку.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Нанков буквально означало «сын Нанка». Форма «Нанковьй» — это архаичное написание, которое встречается в метрических книгах и ревизских сказках XIX века, когда твёрдый знак писали после всех конечных согласных, а мягкий знак нередко путали с «й». В быту фамилия произносилась как Нанков, а на письме сохраняла старую графику.

Географически фамилия привязана к северо-западу России — Вологодской, Архангельской, Новгородской губерниям, где диалектное слово «нанка» было в ходу. Встречается она и в среде староверов, которые дольше других держались за дореформенную орфографию. Носители фамилии Нанковьй — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по бытовой черте характера. Никакого знатного или служилого происхождения за этой фамилией не числится.