Фамилия Нарубацкий — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание: она звучит не по-великорусски, а скорее по-польски или по-белорусски. И действительно, суффикс -цкий (в польской огласовке -ski) и ударение на предпоследнем слоге выдают её западнославянское или западнорусское происхождение. Это типичная фамилия для шляхты или мещан Великого княжества Литовского, где такие окончания были нормой.

Основа фамилии — слово «нарубать» или «наруб». В восточнославянских диалектах «наруб» означал либо место, где нарублен лес (делянку, вырубку), либо срубленное дерево, либо даже засеку — укрепление из поваленных стволов. Человек, получивший прозвище Нарубацкий, мог жить на вырубке, владеть участком на месте сведённого леса или заниматься рубкой леса. Не исключён и военный оттенок: «наруб» — это засека, пограничное укрепление из деревьев, так что предок мог быть сторожем или поселенцем на такой линии обороны.

В польской ономастике фамилии на -цкий часто образовывались от названий местностей (топонимов). В Польше и Беларуси есть несколько деревень с корнем Наруб: Нарубы, Нарубовичи. Фамилия Нарубацкий могла возникнуть как указание на выходца из такого села — «тот, кто из Нарубов». В таком случае она отвечает на вопрос «откуда родом?», а не «чем занимается?».

Встречается фамилия и в украинском варианте — Нарубацький, что указывает на ту же основу, но с местным произношением. В России она редка и обычно связана с переселенцами из западных губерний после разделов Речи Посполитой. Сословно носители могли быть как крестьянами (если прозвище дано по занятию), так и мелкой шляхтой (если по месту жительства или владению землёй).

Спорных версий здесь немного: попытки связать фамилию с «на рубе» (то есть на грани, на краю) — народная этимология, лингвистически слабая, потому что форма «Нарубацкий» требует именно глагольного корня «руб-». Более правдоподобно, что перед нами либо прозвище лесоруба, либо топонимическая фамилия от названия урочища.