Фамилия Наталенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Наталий. Фамилия Наталенко восходит к старинному мужскому имени Наталий, которое в переводе с латинского означает «родной, урожденный или рождественский». Святым покровителем этого имени считается мученик Наталий, день памяти которого приходится на 12 июня. Следует отметит, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Поэтому Наталенко буквально понималось как «сын Наталия».