Фамилия Натальин — редкий случай в русских фамилиях: она образована не от мужского, а от женского крестильного имени Наталья. С латыни это имя переводится как «родимая, родная», и в основе лежит то же слово, что дало начало и старинному мужскому имени Наталий, и латинскому «наталис» — «родной». Есть и более глубокая связь: «диэс наталис» у римлян означало «день рождения, рождества», так что имя несло в себе оттенок праздника появления на свет.

Обычно фамилии от женских имён возникали в тех семьях, где женщина была главой дома — например, вдова или мать, чей авторитет перевешивал вклад отца. Потомки такой Натальи со временем и получили прозвание Натальины, которое закрепилось как фамилия. Модель образования здесь классическая для русского языка: к основе имени добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Натальин, то есть сын или дочь Натальи.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное ударение на втором слоге — Натáльин, хотя имя мы произносим с ударением на втором слоге же, но в бытовой речи фамилию часто коверкают, ставя ударение на первый. Путаница с ударением — частая причина искажений при записи, поэтому в документах можно встретить варианты Наталин или даже Натолин, хотя они ошибочны.

В дореволюционной России фамилия Натальин встречалась в разных сословиях, но чаще у крестьян и мещан, где имя Наталья было особенно популярно. В духовном сословии фамилия тоже бытовала — там нередко давали фамилии по именам святых, а святая Наталья Никомидийская почитается церковью с IV века. Однако специальных исследований, которые бы точно определили географию распространения фамилии, нет: в современных справочниках она не значится среди частотных, что делает её сравнительно редкой.

Стоит упомянуть и однокоренные фамилии — Натальев, Натальинский, Наталич. Первая образована по той же модели, но с суффиксом -ев, что встречается реже. Натальинский — более поздняя семинарская фамилия, искусственно созданная по образцу географических названий. А Наталич — вариант с белорусским или украинским оттенком, где суффикс -ич указывает на отчество. В целом же все эти фамилии восходят к одному корню и означают одно: человек из рода Натальи.