Фамилия Наташкина образована от женского имени Наташка — просторечной формы крестильного имени Наталия. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно возникали от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывали на принадлежность: Наташкин — значит «сын Наташки» или, шире, «человек из семьи Наташки». Такой способ словообразования характерен для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Имя Наталия (от лат. natalis — «родная», «рождественская») в народной среде давало множество производных: Наталья, Натаха, Наташа, Наташка. Форма Наташка в XVIII–XIX веках была распространённым вариантом в крестьянской и мещанской среде, без пренебрежительного оттенка, который появился позже. Соответственно, фамилия Наташкин (и её женская форма Наташкина) фиксирует именно этот народный вариант имени.

Интересно, что фамилия не слишком частая: по данным современных телефонных справочников и баз переписи, она встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской и Нижегородской областях. Это может указывать на локальное бытование прозвища или на то, что родоначальник был выходцем из мест, где имя Наташка было особенно употребительно.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования на -ин от женских имён рассматриваются как указание на матрилинейное происхождение: фамилия могла закрепиться за детьми, если мать была вдовой или главой семьи, либо если женское имя было более узнаваемым в округе. В случае Наташкиной это вполне вероятно: имя матери могло стать родовым прозвищем, которое затем перешло в официальную фамилию.

Таким образом, носительница фамилии Наташкина может считать своим предком женщину по имени Наталья, которую в быту звали Наташкой, и фамилия просто закрепила эту семейную связь без дополнительных социальных или профессиональных подтекстов.