Фамилия Натокин образована от прозвища Натока. В русских говорах слово «натока» означало «наплыв», «нарост», «натек» — то, что натекло или наросло на поверхности. Чаще всего так называли человека с заметной телесной особенностью: шишкой, горбом, опухолью или просто плотным, сбитым телосложением. Встречалось и переносное значение — «напористый, настырный человек», который «натекает», то есть настойчиво добивается своего.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Натокин буквально значит «сын Натоки» или «из семьи Натоки». Эта модель характерна для северных и центральных областей России, где отчества и фамилии на -ин образовывались от основ на -а, -я. Сравните с однокоренными фамилиями Наточин, Наточкин, Наточий — все они восходят к тому же корню «тек-/ток-» с приставкой «на-».

Географически фамилия Натокин тяготеет к Вологодской, Архангельской и Ярославской областям. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Натока из окрестностей Вологды и Тотьмы. Это не дворянская фамилия: её носители в массе своей были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище давалось по внешнему признаку, а не по ремеслу.

Интересная деталь: в некоторых диалектах «натока» могло означать не только нарост, но и лужицу, разлив воды. Тогда прозвище мог получить человек, живший у разлива реки или на влажной низине. Но основная, самая частая версия — прозвище по физической особенности. Фамилия редкая, не попала в массовые дворянские родословные, но сохранилась в глубинке, что делает её живым свидетельством народной ономастики Русского Севера.