Фамилия Натокина звучит на слух как отчество от женского имени, но её происхождение, скорее всего, не матриархальное, а прозвищное. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Натокин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Натока.

Корень «нат-» в русских говорах многозначен. Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «наточить» в смысле «наточить косу, нож, инструмент». Прозвище Натока могли дать мастеру-точильщику, человеку, который профессионально правил лезвия. В крестьянском быту точильщик был фигурой заметной — без острой косы сенокос не задастся, без ножа и топора хозяйство встанет. Фамилия могла закрепиться за ремесленником, ходившим по деревням с точильным кругом.

Есть и другая, более редкая версия: в некоторых северных говорах «натокой» называли быстрый, напористый поток воды, ручей. Прозвище Натока в этом случае мог получить человек с бурным, стремительным характером. Но это предположение слабее — для прозвищ чаще брали действия и ремёсла, а не природные явления.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с отчествами от прозвищ на -ока: Вертокин, Болтокин, Ломокин. Модель старая, но не самая массовая, поэтому Натокины — фамилия редкая. Географически она может тяготеть к северным и центральным областям России, где точильное ремесло было отдельным промыслом.

В дореволюционных переписях Натокины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Современный носитель фамилии может считать своим предком человека, который не просто владел инструментом, а умел дать ему вторую жизнь.