Фамилия Надтокин — редкий случай, когда основа почти наверняка не имя и не профессия, а локальный географический термин. Строится она по стандартной русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность «чьему-то» дому или роду. Вопрос в том, что скрывается за корнем «Надток-».

Самая вероятная версия отсылает к слову «надток» или «надтока» — диалектному названию притока реки, ручья, который течёт поверх основного русла или впадает в него сверху. В говорах русского Севера и Сибири «ток» нередко означал русло, протоку. Человек, живший у такого места, получал прозвище Надток. Соответственно, Надтокин — «сын Надтока» или «из рода Надтока». Такая фамилия могла закрепиться за крестьянами или рыбаками, чей дом стоял на берегу речного притока.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с глаголом «надотекать» (натекать, накапливаться) или с устаревшим «надток» в значении «излишек, прибавка». В этом случае прозвище могло получить человек, которого считали «лишним» в семье (поздний ребёнок) или, наоборот, удачливым, получавшим прибыль сверх меры. Однако географическое объяснение выглядит правдоподобнее, так как фамилия явно не попала в списки распространённых боярских или дворянских родов и не фиксируется в массовых переписях центральных губерний.

Суффикс -ин, а не -ов, тоже даёт подсказку: он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Если бы корень был «Надток» (мужской род с твёрдым согласным), мы бы получили Надтоков. Форма Надтокин подразумевает, что исходное прозвище звучало как Надтока — возможно, так называли не самого человека, а всю местность или речку, откуда пошло семейство.

В современных справочниках фамилия встречается редко, преимущественно в Вологодской и Архангельской областях, что косвенно подтверждает северную, «речную» версию происхождения. Никаких знаменитых носителей в истории не прослеживается — это фамилия простого сословия, скорее всего, крестьян или посадских людей, привязанная к конкретному уголку земли, где протекал свой «надток».