Фамилия Наутанов — одна из тех, что заставляют задуматься: откуда такой необычный корень? В русской ономастике она нетипична, и её происхождение, скорее всего, лежит за пределами славянского мира. Сразу скажем: в классических словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) она не упоминается, что указывает на её локальный или поздний характер.

Вероятнее всего, основа «Наутан» — это вариант личного имени или прозвища. Здесь возможны две основные версии. Первая — тюркская. В тюркских языках слово «наутан» или близкое к нему «науты» может означать «неуклюжий», «неповоротливый» или, наоборот, «назойливый», «приставучий». Такое прозвище могли дать человеку с соответствующим характером или манерой поведения. Суффикс «-ов» в этом случае — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — Наутанов сын). Фамилия могла возникнуть в среде, где тюркские языки соседствовали с русским, например, в Поволжье, на Урале или в Сибири.

Вторая версия — калмыцкая или монгольская. В калмыцком языке есть слово «наутан» (или «навтан»), которое переводится как «тихий», «спокойный», «смирный». Это могло быть как личное имя, так и прозвище. Калмыки, исповедующие буддизм, часто давали детям имена с положительными качествами. Если предок носителя фамилии был калмыком или имел калмыцкие корни, то фамилия могла закрепиться после перехода в русское подданство или при записи в метрические книги. В таком случае «Наутанов» — это русифицированная форма калмыцкого имени, оформленная по русской модели.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими языками, где встречаются похожие звукосочетания, но убедительных параллелей здесь нет. В любом случае, фамилия Наутанов редкая и, скорее всего, не имеет отношения к древнерусским боярским родам. Её носители — потомки людей, получивших прозвище или имя на восточных окраинах России, и в этом её главная ценность как маркера этнического смешения и миграций.