Фамилия Наута — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими версиями, причём каждая по-своему логична. Главная причина разногласий — её звучание, которое одинаково убедительно вписывается и в русскую, и в прибалтийскую, и в финно-угорскую языковые традиции.

Самый очевидный путь — разобрать фамилию как русифицированную форму прибалтийского прозвища. В литовском языке слово nauta означает «польза, выгода, имущество». Прозвище Наута могли дать хозяйственному, расчётливому человеку или, напротив, тому, кто умел добывать и копить добро. Суффикс -а, характерный для литовских и латышских фамилий, в русской среде часто оставался без изменений, так что при переезде носителя в русскоязычную среду фамилия могла закрепиться именно в такой огласовке.

Вторая версия ведёт к финскому корню nauta — «скот, крупный рогатый скот». В Карелии, Ингерманландии и на Северо-Западе России прозвище Наута могло относиться к пастуху, скотоводу или владельцу большого стада. Это объяснение особенно правдоподобно для фамилий, бытующих в Ленинградской области и Карелии, где финский и ижорский субстрат оставил заметный след в местной ономастике.

Третья, менее вероятная гипотеза — происхождение от краткой формы крестильного имени. В православных святцах есть имя Наум (от древнееврейского «утешитель»). В быту оно могло сокращаться до Наута, а затем закрепиться как фамилия. Однако такая модель образования (от уменьшительного имени с окончанием -а) встречается реже, чем прозвищная, и для неё нет устойчивой диалектной поддержки.

География фамилии Наута сегодня неширока. Она встречается в Северо-Западном федеральном округе, единичные носители есть в Сибири и на Дальнем Востоке — вероятно, потомки переселенцев начала XX века. Сословная принадлежность предков не прослеживается по фамилии: Наута мог быть и крестьянином, и мещанином, и отставным солдатом. Фамилия не даёт подсказок о дворянском происхождении — в ней нет типичных для знати суффиксов (-ский, -цкий) или окончаний на -ово/-аго.

Из-за редкости фамилии в исторических документах (переписях, ревизских сказках) точная дата её появления не установлена. Скорее всего, она оформилась не позднее XVIII века, когда на окраинах империи активно шёл процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий.