Фамилия Навичёнок — редкий пример восточнославянской модели, где к основе присоединился суффикс -ёнок. В белорусском, реже в западнорусском ономастиконе -ёнок (или -онок) обозначал «сын» или «потомок»: Навичёнок буквально значит «сын или человек Навича». То есть это не самостоятельное прозвище, а вторая ступень родового имени: сначала существовало прозвище или имя Нав, от него образовали патроним Навич (по схеме «чей сын?»), а уже от этого патронима — фамилию Навичёнок.

Корень Нав- в славянском контексте почти всегда отсылает к слову «навь» — в древнерусском языке так называли покойника, умершего, а также потусторонний мир. «Навь» — одно из ключевых понятий славянской мифологии, антоним «яви». Прозвище Нав могли дать человеку с бледным лицом, мрачным нравом или, наоборот, в охранительных целях — чтобы отвести беду, называя ребёнка «мёртвым» (такие имена-обереги встречаются у многих народов). Менее вероятна связь с личным именем Наум, где отпал конечный согласный: Навич могло возникнуть как вариант от Наумович, но тогда ожидалась бы форма Наумовичёнок или Наумичёнок.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу Беларуси и приграничным районам Польши (Подляшье). В России она практически не встречается. Суффикс -ёнок характерен именно для белорусской и украинской фамильной системы, а в русской — редок и исторически закреплён за крестьянскими родами, которые не имели сословного барьера для суффиксальной модели «сын».

В словаре В. А. Никонова и в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям Навичёнок не упоминается — это говорит о том, что фамилия локальная и не попала в общерусский ономастический оборот. Спорных версий немного: иногда корень ошибочно сближают с «навигация» (от лат. navigatio) — но это чисто случайное созвучие, так как в славянской среде профессиональные прозвища от латинских терминов не образовывались.

Таким образом, носитель фамилии Навичёнок с большой вероятностью происходит из белорусского или западноукраинского рода, где предок носил прозвище Нав или имя Навич, а сама фамилия закрепилась в форме, указывающей на младшего или прямого потомка.