Фамилия Небайкин звучит так, будто предки её носителей когда-то отказались от разговора, и в этом есть доля истины. В основе фамилии лежит прозвище Небайка, которое образовали от глагола «байкать» с отрицательной частицей не-. В старых говорах «байкать» означало говорить, болтать, беседовать, рассказывать, поэтому прозвище Небайка могли дать молчаливому, неразговорчивому и тихому человеку. Такой человек не любил пустых разговоров, и окружающие быстро подмечали эту черту, закрепляя её в качестве именования.

Впрочем, есть и вторая гипотеза, которая уводит нас в сторону колыбельных. Слово «бай» знакомо каждому по припевке «баю-бай», и в некоторых диалектах оно означало компонент колыбельной песни при укачивании ребёнка. Если принять эту версию, то прозвище Небайка могло закрепиться за капризным, неугомонным малышом, которого никак не удавалось убаюкать. Такое прозвище, данное в детстве, могло остаться с человеком на всю жизнь и перейти к его потомкам.

Словообразовательная модель фамилии проста и характерна для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Небайкин — это «сын Небайки». Такой тип фамилий широко распространён в северорусских и поволжских землях, где прозвища с суффиксом -ка активно превращались в фамилии с окончанием -ин.

Обе версии происхождения не противоречат друг другу, но первая выглядит правдоподобнее: глагол «байкать» в значении «говорить» встречается в русских говорах чаще, чем колыбельный «бай», а прозвища по характеру — один из самых распространённых источников русских фамилий.

Фамилия Небайкин встречается в документах начала XX века. В Книге памяти Астраханской области упоминается Небайкин Ефим Алексеевич, родившийся в 1879 году в селе Владимировка. Это подтверждает, что фамилия бытовала в низовьях Волги, куда переселенцы из центральных губерний приносили свои прозвищные именования.

Родственными фамилиями можно считать Байкин, Байков, Небайков, а также более редкие Небайко и Небайченко, которые встречаются на Украине и в южнорусских областях. Все они восходят к той же основе — глаголу «байкать» или слову «бай», но каждая сохранила свой путь развития.