Фамилия Небораченко происходит от прозвища Неборак, которое восходит к украинскому диалектному слову со значением «бедняга, несчастный». Так в народе могли назвать человека, вызывающего жалость, или того, чья жизнь складывалась нелегко. Однако у этого прозвища есть и другая, более глубокая подоплёка: оно относится к так называемым «охранительным» именованиям, то есть оберегам.

Смысл оберега прост: родители, желая уберечь сына от злой судьбы, нарочно давали ему «несчастливое» имя. Считалось, что злые духи не позарятся на ребёнка с прозвищем Неборак, а значит, он вырастет здоровым и удачливым. Такой приём — назвать ребёнка словом с отрицательным значением, чтобы отвести беду, — широко известен в славянской традиции. Здесь мы видим ту же логику, что и в фамилиях типа Негодяев или Некрасов: имя-оберег должно было обмануть нечистую силу.

Чередование согласных к/ч в корне — результат естественных фонетических процессов украинского языка. Суффикс -енко, присоединённый к основе, указывает на отчество: Небораченко буквально значит «сын Неборака». Такая модель образования фамилий была самой распространённой на Левобережной Украине, особенно в казацких землях, где фамилии на -енко фиксировались уже в XVII веке.

Прозвище Неборак, изначально бытовавшее в устной речи, со временем заменило наследственное имя и в повседневном общении, и в официальных документах. Так потомки человека, которого в детстве назвали «несчастным» ради его же блага, получили фамилию, которая сегодня звучит скорее как напоминание о старой народной хитрости, чем как характеристика предка.