Фамилия Нечипай — редкий случай, когда прозвище застыло в форме повелительного наклонения глагола. В её основе лежит украинское или южнорусское «нечипай», то есть «не трогай», «не задевай». Это так называемая «обережная» фамилия: родители сознательно давали ребёнку прозвище с отрицанием, чтобы уберечь его от сглаза, болезней или злых сил. Считалось, что если назвать человека Нечипай, то беда его «не чипатиме» — не тронет.

Словообразовательная модель типична для украинских фамилий: глагольная основа в императиве без дополнительных суффиксов. Сравните с фамилиями Недайборщ, Покусай, Вернигора. В русской традиции такие формы встречаются реже и чаще закрепляются за выходцами с Украины или из южных губерний. Поэтому географически фамилия Нечипай тяготеет к Черниговщине, Полтавщине, а также к Кубани и Дону, куда переселялись украинские казаки.

В некоторых говорах глагол «чипать» означал не только «трогать», но и «задирать», «обижать». Тогда прозвище Нечипай могло характеризовать человека мирного, неконфликтного, которого лучше не задевать. Однако не исключён и обратный смысл — ироничное прозвище для того, кто сам постоянно лезет в драку, этакий «не тронь меня — сам задену».

Иногда фамилию путают с Нечепай или Нещапай, но это разные основы. В первом случае корень «чеп» (чепать — цеплять), во втором — «щап» (щапать — щипать). Нечипай же прямо указывает на запрет прикосновения, что делает её одной из самых прозрачных по значению среди «обережных» фамилий.