Фамилия Нечипор — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось, перейдя в фамилию без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на её украинское или белорусское происхождение, где фамилии нередко застывали в форме имени или прозвища. Корень здесь — Нечипор, народная, разговорная форма канонического имени Никифор. В православных святцах Никифор значит «победоносец» (от греческого nike — победа и phero — несу), но в быту имя обросло множеством диалектных вариантов: Микифор, Нечипор, Чипор. Фамилия Нечипор, таким образом, происходит напрямую от этого просторечного имени.

Исторически носители фамилии — это, скорее всего, крестьяне или казаки с территории современной Украины и юга Беларуси. Там имя Нечипор было особенно распространено, и человека могли записать в документы просто по имени, без отчества, особенно в ранних реестрах. Фамилия не получила «дворянского» суффикса, что говорит о её простонародном бытовании: предки Нечипоров не были помещиками, а составляли основную массу сельского населения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Нечипоров — более русифицированный вариант, который появился, когда носитель переселялся в великорусские губернии и его фамилию подгоняли под стандарт. А вот форма Нечипор сохранила исходный колорит. Встречается и вариант Нечипоренко (с украинским патронимическим суффиксом «-енко»), который означает «сын Нечипора», тогда как сама фамилия Нечипор — это как бы застывшее личное имя без дополнительных суффиксов.

С точки зрения словообразования, это яркий пример так называемой «полуфамилии» или фамилии-прозвища, которая не прошла стадию притяжательного прилагательного. В писцовых книгах XVII–XVIII веков на украинских землях таких записей множество: «Иван Нечипор», «Петро Нечипор» — и со временем это закрепилось как наследственное имя. Споров о происхождении тут немного: связь с именем Никифор очевидна, а версии о связи с неким «нечистым порогом» или ремеслом — это народная этимология, не выдерживающая критики.