Фамилия Недобугин — один из тех редких случаев, когда основа фамилии разбирается не через имя или профессию, а через глагольную форму и отрицание. Сразу бросается в глаза приставка Недо-, которая в русских фамилиях обычно указывает на неполноту действия или качества (ср. Недомерков, Недосекин). Вторая часть — бугин — восходит к глаголу «бу́хать» или «бу́гнуть» в диалектном значении «ударять, бить, колотить». Соответственно, «недобугин» — это человек, который «недобил», то есть не завершил удар, не доделал что-то до конца. Прозвище могло закрепиться за нерасторопным работником, который оставлял дело недоделанным, или же за тем, кто в пылу ссоры нанёс удар, но не добил противника.

Однако есть и другая, более спорная версия. В некоторых говорах «буга» или «бугай» — это бык, а «недобугин» могло означать «недоросший бычок», то есть подросший, но ещё не ставший полноценным самцом. Эта гипотеза менее правдоподобна: суффикс -ин в русских фамилиях чаще образуется от личных имён или прозвищ на -а/-я (Буга — Бугин), а в основе Недобугин явно глагольный корень с отрицанием.

Словообразовательная модель здесь необычна: это отглагольное прозвище с приставкой недо- и суффиксом -ин, что встречается реже, чем типичные фамилии на -ов/-ев. По сути, Недобугин — это «сын того, кто недобу́хал», то есть не докончил бить. Фамилия крайне редкая, её география, скорее всего, ограничена центральными или южнорусскими областями, где был распространён глагол «бухать» в значении «бить». В дореволюционных переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бугин, Буханов, Недосекин) показывает, что Недобугин стоит особняком: если Бугин мог образоваться от имени Буга (уменьшительное от Бугай), то Недобугин явно несёт в себе оценку действия. Это не профессиональное прозвище (как Кузнецов), а скорее бытовое, данное по характерной черте поведения.