Фамилия Недоганов — яркий пример того, как прозвище, данное человеку за образ мыслей или поведение, закрепилось в родовом имени. Её основа — прилагательное «недоганый», то есть недогадливый, несообразительный, медлительный умом. В старину это слово было куда более ходовым, чем сегодня: «недогад» означало недостаток сообразительности, а «недогадливый» говорили о человеке, который «доходит своим умом» медленно или не доходит вовсе. Так что первый Недоганов, скорее всего, получил своё прозвище не в обиду, а как констатацию особенности характера — в крестьянской среде такие меткие бытовые характеристики давали постоянно.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Недогана). Интересно, что в некоторых говорах встречался вариант Недогад, а фамилия могла звучать как Недогадов — с сохранением конечного «д». Но форма Недоганов победила за счёт упрощения произношения. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских областях, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях — там, где говор был склонен к «аканью» и усечению слов.

В отличие от многих фамилий, образованных от качеств ума (например, Мудров или Умнов), Недоганов — случай «от противного». Это не комплимент, а прозвище-характеристика, каких в русской ономастике множество: Недоспасов, Недоедов, Недомерков. Все они фиксировали не столько недостаток, сколько конкретную бытовую ситуацию или свойство, по которому человека выделяли среди других. При этом со временем отрицательный оттенок стёрся — фамилия превратилась в нейтральный родовой знак.

Сложно сказать, относился ли Недоганов к дворянству или духовенству: фамилии с таким корнем редко встречаются в родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII века, когда прозвища начали массово переходить в наследственные именования. Если искать однокоренные аналоги, то ближе всех Недогадов и Недогадкин — но обе фамилии встречаются в разы реже.