Фамилия Недокушева — женская форма фамилии Недокушев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Недокуша. Разбираем слово по модели: «недо-» (приставка со значением неполноты, недостатка) + «куша» (от глагола «кушать»). Буквально — «тот, кто недоедает», «недокормленный». Это прозвище могли дать человеку с худощавым телосложением, слабым здоровьем или, напротив, тому, кто в шутку жаловался на скудную еду.

Модель образования фамилии типична для северных и сибирских говоров: суффикс «-ев» (а не «-ов») часто появляется после мягких основ и шипящих. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные примеры разбираются в разделе фамилий от прозвищ с приставкой «недо-». Таких фамилий в русском языке немного, и они почти всегда отражают ироничную оценку внешности или характера: Недорубов, Недосекин, Недогонов. Недокушев стоит в этом ряду, но выделяется редкой основой — «куша» встречается в прозвищах реже, чем, скажем, «руб» или «гон».

Географически фамилия Недокушевы привязана к северо-востоку европейской части России и Уралу. По данным переписей и метрических книг XIX века, основная масса носителей жила в Вологодской и Пермской губерниях, а также в Сибири (Томская губерния). Встречается она и у казаков — в Оренбургском казачьем войске записаны Недокушевы, что говорит о возможном переселении крестьян или ссыльных. Социальный состав — преимущественно государственные крестьяне и однодворцы, то есть люди, не знавшие крепостной зависимости. Это объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения в помещичьих губерниях центра России.

Есть ещё одна, менее вероятная версия: от диалектного слова «недокушный» — неспособный, слабосильный. В этом случае «Недокуша» — сокращение от «недокушный», а не от «кушать». Но первая версия (от недоедания) подтверждается большим числом параллельных фамилий той же модели, тогда как «недокушный» — слово редкое, почти не зафиксированное в словарях народных говоров.